La Confrérie des Pirates d'Ouchy est dirigée par les membres du Conseil. Les autres Conseillers forment, avec ceux du Conseil, le Conseil Elargi. Ce dernier a un rôle d'information et de concertation au sein des Conseillers. Le cahier des charges des membres du Conseil et des Conseillers est sous la seule responsabilité du Conseil.
- Le Conseil dirige la Confrérie, il répartit les fonctions de chacun et détermine les devoirs et compétences de chaque fonction. Il est formé du Grand Patron, du Grand Patron Adjoint, du Préfet Maritime, du Syndic de la Commune Libre et Indépendante d'Ouchy, du Sénéchal, du Trésorier et du Grand Scribe.
- Le Conseil décide des manifestations que la Confrérie organise ou auxquelles elle participe. En accord avec le Syndic, il convient de l'organisation de manifestations et d'évènements, ainsi que des dépenses importantes de la Commune. Il désigne un responsable de la communication pour chaque manifestation importante.
- Le Conseil décide des tarifs de location de la Barque. Il décide des grands travaux à faire sur la Barque, sur la base des informations données par le Préfet Maritime. Il nomme aussi les commissions permanentes ou temporaires, auxquelles il délègue des tâches et des compétences précises. Finalement, il examine la correspondance reçue et y répond, le cas échéant. Et enfin, il désigne le Gonfalonier.
- Le Conseil se réunit, en règle générale tous les mois. Ses décisions sont prises en collégialité. Un vote n'est pas la règle générale. La majorité des présents est suffisante le cas échéant. Il informe, dans une large mesure, le Conseil Elargi de ses décisions. S'agissant des décisions générales, une information aux membres doit être faite.
- Le Conseil Elargi est formé du Conseil, du 1er Patron, du Bosco, du Commissaire, du Héraut, de l'Actuaire et selon le besoin, de Conseillers. Il est le lieu ou se discutent les problèmes généraux. Le Conseil Elargi se réunit quatre fois l'an.
